มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์เป็นสถาบันอุดมศึกษาที่ได้รับการสนับสนุนงบประมาณทางด้านการวิจัยมากที่สุดและเพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่อง[56] โดยมหาวิทยาลัยได้วางนโยบาย มุ่งสู่การเป็นมหาวิทยาลัยที่เน้นการวิจัยอย่างสมบูรณ์[57] โดยปรับปรุงกลไกเสริมสร้างเครือข่ายงานวิจัยในภาพรวมให้เข้มแข็ง ตลอดจนประสานความร่วมมือกับหน่วยงานต่าง ๆ เพื่อสร้างและพัฒนาบุคลากรของทางมหาวิทยาลัย ผลงานวิจัยของนักศึกษา ไปต่อยอดเทคโนโลยีที่ตอบสนองตรงตามความต้องการของภาคอุตสาหกรรม และสามารถนำไปใช้ประโยชน์ต่อสังคมได้อย่างแท้จริง[58][59] ทั้งนี้มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์มีโครงการวิจัยที่ได้รับเงินอุดหนุนวิจัยภายในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์[60] โดยมีการคัดเลือกผลงานวิจัยของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ จัดแบ่งตามประเภทของหลักเกณฑ์ต่าง ๆ 2 กลุ่ม คือ กลุ่มที่ 1 เงินอุดหนุนวิจัยทั่วไป ได้แก่ โครงการวิจัย 3 สาขา คือ โครงการวิจัยสาขาเกษตร โครงการวิจัยสาขาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี โครงการวิจัยสาขาสังคมศาสตร์และพฤติกรรม และกลุ่มที่ 2 คือ เงินอุดหนุนวิจัยเฉพาะกิจ

นอกจากนั้นมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ได้รับการคัดเลือกให้เป็น มหาวิทยาลัยวิจัยแห่งชาติ จากสำนักงานคณะกรรมการอุดมศึกษา (สกอ.) ได้จัดตั้งสถาบันวิทยาการขั้นสูงขึ้น 4 ศูนย์[61] คือ ศูนย์วิทยาการขั้นสูงเพื่อเกษตรและอาหาร ศูนย์วิทยาการขั้นสูงด้านทรัพยากรธรรมชาติเขตร้อน ศูนย์วิทยาการขั้นสูงด้านนาโนเทคโนโลยีเพื่ออุตสาหกรรมเคมีอาหารและการเกษตร และศูนย์วิทยาการขั้นสูงด้านเทคโนโลยีอุตสาหกรรม อันเป็นการวางโครงสร้างขนาดใหญ่เพื่อรองรับการสร้างผลงานวิจัย สร้างบุคลากรนักวิจัย และผลิตนวัตกรรมต่าง ๆ [62] และเป็นการระดมสมองและบูรณาการความรู้จากบุคลากรทุกภาคส่วนของมหาวิทยาลัย เพื่อสนับสนุนความเป็นเลิศทางวิชาการและแสดงศักยภาพของมหาวิทยาลัยไทยไปสู่เวทีระดับนานาชาติ[63][64] ทั้งนี้มหาวิทยาลัยมีหน่วยงานทำหน้าที่เป็นศูนย์กลางการบริหารการประสานงานด้านวิจัย และพัฒนาทั้งภายในและภายนอกมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ คือ สถาบันวิจัยและพัฒนาแห่งมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์[65] ทำหน้าที่ประสานและบริหารงานวิจัย รวมถึงบริการวิชาการและงานวิจัยให้สอดคล้องกับจุดมุ่งหมายที่กำหนดในพระราชบัญญัติของมหาวิทยาลัย อันนำไปสู่การเป็นมหาวิทยาลัยวิจัยที่สมบูรณ์แบบ[66]